清朝康熙年間（納臺初期），設立軍區臺廈道，並隸屬於福建省。行政區劃則一府三縣，分別是諸羅縣、臺灣縣與鳳山縣。雍正年間臺廈道下設置一府四縣二廳，諸羅縣內虎尾溪以北增設彰化縣，分別是諸羅縣、臺灣縣、鳳山縣與彰化縣；二廳分別是澎湖廳與淡水廳。下圖為：一府四縣二廳示意圖。
