清朝康熙年間（納臺初期），設立軍區臺廈道，並隸屬於福建省。行政區劃則一府三縣，「一府」指臺灣府，「三縣」分別是諸羅縣、臺灣縣與鳳山縣。臺灣縣與鳳山縣承襲明鄭時期的萬年州所管轄地帶。下圖為：一府三縣示意圖。
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