同稱：「澎湖巡檢司」、「巡檢司」。澎湖巡檢司於元代就有設置，行政管轄隸屬福建行省泉州府，明朝沿襲該建制，短期間因為海禁政策而廢置，但大體上仍延續到荷人統治時期。西元1604年，荷蘭東印度公司司令官韋麻郎，抵臺要求清政府准予通商，福建當局立即派都司沈有容率軍諭退韋麻郎，韋麻郎見補給與支援無望，遂離臺遠去，後為此事件立有「沈有容諭退紅毛番」碑。下圖為：澎湖巡檢司設置圖。
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