清朝初年,由於在中原根基未穩,所以招降故有漢族將領來管理南方省份。主要勢力分別是平西王吳三桂,領雲貴、四川與湖南;平南王之子尚之信,鎮廣東、廣西,靖南王耿精忠領福建,此三勢力並稱三藩。三藩在領地內有軍事、外交權,並壟斷經濟命脈,仿如國中之國。清康熙帝殺鰲拜親政後,整頓軍政後執意徹藩,平西王吳三桂遂起兵反抗,並得其他兩藩響應,是為三藩之亂。此次戰爭蔓延南方各省,於1681年被平定。此事件中,鄭經亦以反清復明的口號加入,惟因為與靖南王耿精忠間發生紛爭,終無功而返。下圖為:三藩之亂路線圖。
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