質子幫浦是生物體內的蛋白質，負責將質子（氫離子）從低濃度的區域移動到高濃度的區域，進行主動運輸。這種運輸過程需要耗能，通常利用細胞內的能量分子，如ATP，來推動。質子幫浦在細胞膜上常見，例如在粒線體內的呼吸鏈以及植物細胞的葉綠體中，用於創建質子濃度差，從而產生能量供細胞使用。
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