國家安全局隸屬於國家安全會議，綜理國家安全情報工作與特種勤務之策劃及執行；並對國防部政治作戰局、國防部軍事情報局、國防部電訊發展室、國防部軍事安全總隊、國防部憲兵指揮部、海洋委員會海巡署、內政部警政署、內政部移民署、法務部調查局等機關（構）所主管之有關國家安全情報事項，負統合指導、協調、支援之責。
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