原理：（1）不同個體的DNA核苷酸序列不同。（2）限制酶切割DNA時，只切割在特定核苷酸序列的位置上。（3）核苷酸序列不同，限制酵素的切割點便不同，切割後核苷酸片段長度也不同。（3）每個人具有自己獨特的DNA核苷酸序列，故經過相同限制酵素切割後，每個人的DNA片段長度也就因人而異。（4）個人由於片段的長度、電荷大小的不同，經過電泳分析後，分別會停留在膠片不同的位置上，於是呈現出個人所獨有的圖紋。應用：親子關係及刑案的鑑定等。
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