同稱：「自體免疫疾病」、「自體免疫」。免疫系統的自我辨識功能發生問題，致使免疫系統針對自身的組織與器官產生異常免疫反應而引起疾病。 發生原因不明，可能與遺傳有關，也可能是某些感染性疾病所引起的併發症。 例子：紅斑性狼瘡、類風溼性關節炎等。
紅斑性狼瘡類風溼性關節炎橋本氏甲狀腺炎胰島素依賴性糖尿病風溼熱重症肌無力延滯股腎口囓齒動物循環式電子傳遞操作變因控制變因倍增年數水圈目鏡測微器尼安德人光學顯微鏡分子證據種同位素南方猿人可見光多層柱狀上皮組織同分異構物環境負荷量生態工法中耳諾貝爾生醫獎應變變因外來種種化作用