- 農場規模小：地狹人稠，耕地零碎，妨礙農業機械化，導致生產成本高，競爭力不足。
- 農業勞力短缺與老化：務農所得不如工、商、服務業，農村青壯年勞力外流，許多農地廢耕，農地利用集約度及產能都降低。
- 農業投資不足：政府對農業投資少，農村資金有限，發展產生瓶頸，農民收入相對低落。
- 市場需求改變：由於生活水準提高、飲食習慣改變，造成稻米生產過剩，雜糧生產不足，因而實施稻田轉作，以減少水稻產量，同時進口雜糧，使農產品貿易出現赤字。
- 環境汙染：土地分區使用管制執行不力，工廠與農地混雜，工廠排放廢水到農地，造成土壤嚴重汙染。
- 加入WTO：進口外國農產品，國內農業競爭激烈。