少數細菌在環境不適時，體內的原生質會濃縮形成的休眠孢子。當環境適合 時，內孢子便會萌發並進行繁殖。 一個細菌只產生一個內孢子，一個內孢子萌發亦只產生一個細菌，故內孢子不是生殖細胞，它只是細菌抵抗不適宜環境的一種方法。 具有厚壁，對環境的抵抗力特別強，不論對熱、乾燥或化學藥品等的抵抗能力，均比其他生物的孢子強。 下圖為：內孢子的示意圖。
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